Công ty Cổ phần Vận tải và Thuê tàu biển Việt Nam được tổ chức và hoạt động tuân thủ theo Luật doanh nghiệp, Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Công ty và các quy định hiện hành của luật pháp. Công ty Cổ phần Vận tải và Thuê tàu biển Việt Nam đã ban hành một hệ thống quản lý mà theo đó bộ máy quản lý sẽ chịu trách nhiệm và nằm dưới sự lãnh đạo của Hội đồng quản trị. Công ty có một Tổng giám đốc, một số Phó Tổng giám đốc và một Kế toán trưởng do Hội đồng quản trị bổ nhiệm. Tổng giám đốc và các Phó Tổng giám đốc có thể đồng thời là thành viên Hội đồng quản trị, và được Hội đồng quản trị bổ nhiệm hoặc bãi miễn bằng một nghị quyết được thông qua một cách hợp thức.

- Đại hội đồng cổ đông:

Đại hội đồng cổ đông là cơ quan có thẩm quyền cao nhất của Công ty. Đại hội cổ đông thường niên được tổ chức mỗi năm một lần. Đại hội đồng cổ đông phải họp thường niên trong thời hạn bốn tháng, kể từ ngày kết thúc năm tài chính. Đại hội đồng cổ đông thường niên có quyền thảo luận và thông qua:

a. Báo cáo tài chính kiểm toán hàng năm;
b. Báo cáo của Ban kiểm soát;
c. Báo cáo của Hội đồng quản trị;
d. Kế hoạch phát triển ngắn hạn và dài hạn của Công ty.

Hội đồng quản trị tổ chức triệu tập họp Đại hội đồng cổ đông thường niên và lựa chọn địa điểm phù hợp. Đại hội đồng cổ đông thường niên quyết định những vấn đề theo quy định của pháp luật và Điều lệ Công ty, đặc biệt thông qua các báo cáo tài chính hàng năm và ngân sách tài chính cho năm tài chính tiếp theo.

- Hội đồng Quản trị:

Hoạt động kinh doanh và các công việc của Công ty phải chịu sự quản lý hoặc chỉ đạo thực hiện của Hội đồng quản trị. Hội đồng quản trị là cơ quan có đầy đủ quyền hạn để thực hiện tất cả các quyền nhân danh Công ty trừ những thẩm quyền thuộc về Đại hội đồng cổ đông. Hội đồng quản trị có trách nhiệm giám sát Tổng giám đốc và các cán bộ quản lý khác.
Quyền và nghĩa vụ của Hội đồng quản trị do luật pháp, Điều lệ, các quy chế nội bộ của Công ty và quyết định của Đại hội đồng cổ đông quy định.
Số lượng thành viên Hội đồng quản trị từ năm (05) đến bảy (07) người. Nhiệm kỳ của Hội đồng quản trị là năm (05) năm. Nhiệm kỳ của thành viên Hội đồng quản trị không quá năm (05) năm; thành viên Hội đồng quản trị có thể được bầu lại với số nhiệm kỳ không hạn chế. Tổng số thành viên Hội đồng quản trị độc lập không điều hành phải chiếm ít nhất một phần ba tổng số thành viên Hội đồng quản trị.

- Ban Kiểm soát:

Các thành viên của Ban kiểm soát do Đại hội đồng cổ đông bổ nhiệm, nhiệm kỳ của Ban kiểm soát là năm (05) năm; thành viên Ban kiểm soát có thể được bầu lại với số nhiệm kỳ không hạn chế. Số lượng thành viên Ban kiểm soát là ba (03) thành viên. Trong Ban kiểm soát phải có ít nhất một thành viên là người có chuyên môn về tài chính kế toán. Ban kiểm soát sẽ có quyền hạn và trách nhiệm theo quy định tại Điều 123 của Luật Doanh nghiệp và Điều lệ Công ty trong đó bao gồm việc kiểm tra các báo cáo tài chính hàng năm, sáu tháng và hàng quý trước khi đệ trình Hội đồng quản trị; Đề xuất lựa chọn công ty kiểm toán độc lập, mức phí kiểm toán và mọi vấn đề liên quan đến sự rút lui hay bãi nhiệm của công ty kiểm toán độc lập v.v.

- Ban Điều hành:

Ban Điều hành do Hội đồng quản trị bổ nhiệm, gồm Tổng Giám đốc và các Phó Tổng Giám đốc, chịu trách nhiệm trước Hội đồng quản trị và Đại hội đồng cổ đông về việc thực hiện nhiệm vụ và quyền hạn được giao và phải báo cáo các cơ quan này khi được yêu cầu. Tổng giám đốc có trách nhiệm thực hiện các nghị quyết của Hội đồng quản trị và Đại hội đồng cổ đông, kế hoạch kinh doanh và kế hoạch đầu tư của Công ty đã được Hội đồng quản trị và Đại hội đồng cổ đông thông qua; Quyết định tất cả các vấn đề không cần phải có nghị quyết của Hội đồng quản trị, bao gồm việc thay mặt công ty ký kết các hợp đồng tài chính và thương mại, tổ chức và điều hành hoạt động sản xuất kinh doanh thường nhật của Công ty theo những thông lệ quản lý tốt nhất; Đề xuất những biện pháp nâng cao hoạt động và quản lý của Công ty v.v